Strategia cercetării ştiinţifice a Centrului CSISCEE este orientată către desfăşurarea unor activităţi de cercetare cu standard ridicat de performanţă, integrate în schimbul de valori naţional şi internaţional și are în vedere două componente majore:
- Susținerea cercetării temelor individuale pe care membrii unităţii şi le-au stabilit prin planurile individuale de cercetare;
- Găsirea unor direcții de cercetare comune.
Misiunea unităţii de cercetare vizează:
- crearea, la nivelul centrului de studii, a unui climat propice cercetării şi a unei culturi a cercetării, demonstrabile prin numărul de articole publicate, participarea la manifestări ştiinţifice, proiectele depuse spre finanţare, granturile de cercetare obţinute şi aflate în derulare;
- utilizarea în mod eficient a potenţialului studenţilor în realizarea activităţii de cercetare, îmbinând în mod eficient învăţarea cu cercetarea;
- găsirea unor surse de finanţare în vederea dezvoltării infrastructurii colectivelor de cercetare;
- dezvoltarea programelor de mobilități care să contribuie la pregătirea continuă a cercetătorilor şi să permită schimburile de experienţă;
- organizarea anuală, prin rotație, a unei conferinţe internaţionale a universităţilor din Euroregiunea Dunărea de Jos, în care să fie diseminate rezultatele cercetării ştiinţifice caracteristice zonei;
- găsirea unor soluții pentru diseminarea rezultatelor şi la nivelul publicului larg neştiinţific, prin intermediul mass-mediei, conferinţelor locale, meselor rotunde, colaborării cu asociaţii locale, instituţii sau reviste de popularizare;
- realizarea unei mai bune îmbinări a cercetării ştiinţifice cu activitatea didactică, în scopul educării absolvenţilor de licenţă, nu doar ca specialişti în domeniile lor, ci şi ca potenţiali cercetători cu aptitudini reale pentru integrarea în comunitatea ştiinţifică naţională şi europeană.