La nivelul CCIEd funcţionează 3 laboratoare de cercetare interdisciplinară în educaţie: Pedagogie, Psihologia educaţiei, Didactici aplicate, aflate în responsabilitatea ştiinţifică a celor 3 membri din consiliul centrului. Infrastructura acestor laboratoare – surse de documentare, echipamente IT, software – asigură posibilitatea iniţierii unor cercetări ştiinţifice integrate.