Direcțiile principale de cercetare promovate de C.C.T.O.I. sunt următoarele:
- Istoria Bisericii Ortodoxe Române;
- Istorie bisericească la Dunărea de Jos;
- Cultură creștină românească;
- Cultură creștină la Dunărea de Jos;
- Liturgică;
- Spiritualitate filocalică în spațiul românesc;
- Istoria Bisericii Universale;
- Istoria și Spiritualitatea Bizanțului;
- Artă Sacră;
- Patristică;
- Bioetică;
- Teologie Socială;
- Cultura creștină în spațiul răsăritean.
Direcțiile secundare avute în vedere de C.C.T.O.I. sunt următoarele:
- viața bisericească în protoieriile Arhiepiscopiei Dunării de Jos de la înființarea acestora și până în prezent;
- personalități ale vieții bisericești din Arhiepiscopia Dunării de Jos – ierarhi, preoți, cântăreți;
- patrimoniul bisericesc din Arhiepiscopia Dunării de Jos și conservarea acestuia;
- ierarhii Dunării de jos – activitatea administativ-gospodărească, teologică, culturală, social-filantropică, misionară;
- învățământ și educație în Imperiul Bizantin;
- cultura bizantină și influențele acesteia în Apusul creștin;
- cultura bizantină și influențele acesteia în Răsăritul Ortodox;
- icoana bizantină, între canonul ortodoxiei și influențele Renașterii;
- cult și cultură în spațiul sud-est european și în România;
- monahismul studit;
- Biserica Ortodoxă Română în perioada comunismului;
- apostolatul creștin și social – misiunea slujitoare socială a Bisericii;
- cunoașterea conexiunilor dintre Teologia sociala, Sociologie și Asistența socială;
- familia creștină în societatea românească contemporană;
- boala trupească și cea sufletească între perspectiva creștină și etica seculară;
- sfârșitul vieții între morala creștină și etica seculară;
- istoria și geografia creștinismului din Asia Mică;
- biografii ale litugiștilor români;
- pastorația persoanelor cu nevoi speciale;