Centrul de cercetare are în structura sa două secții de cercetare, necesare realizării obiectului său de activitate, în componența cărora intră membrii titulari ai Departamentului de Teologie și invitați/asociați, ale căror relaţii interne şi în cadrul Universităţii sunt reglementate prin Regulamentul de Organizare şi Funcţionare.
Cele două secții ale centrului sunt :
- „Teologie și Spiritualitate Ortodoxă în spațiul Est-european” (T.S.O.E.E.)
- „Istorie, Cultură și Spiritualitate Ortodoxă la Dunărea de Jos” (I.C.S.O.D.J)